Очистка от мусора

Очистка с помощью TortoiseGit

См. часть 1 по установке этого клиента и подключению. Через контекстное меню - добавляем файлы в игнор лист. Например есть файл in.txt в репозитории, он не добавлен (но может быть и добавлен, не принципиально):

Далее, нажимаете правой кнопкой, показать дополнительные параметры (для Win11), TortoiseGit->Add to ignore list. Выбираете вариант - для конкретного файла игнорировать или для всех текстовых файлов. Наверное лучше для одного.

Далее вылезет окно, которое предлагает расширенные настройки. Оставляем по дефолту и нажимаем OK. Теперь иконка файла in.txt изменилась, стала стоп. На верхнем уровне файл .gitignore покраснел. Отлично, можно заливать в репозиторий через коммит, пуш.

Материалы: Ignoring Files And Directories – TortoiseGit – Documentation – TortoiseGit – Windows Shell Interface to Git

Если уже закоммичен мусор? Как его убрать

Предположим, что есть каталог garbige, в котором лежат левые файлы.
Мы выполняем всё что было выше, добавляем в игнор лист через контекстное меню. Затем вылезает окно с вопросом:

Если вам надо сохранить папки локально то отвечаем "Да", если не нужно (например хотите их перегенировать), то отвечаем "Нет".
Когда делаем коммит, то проверяем что нужные файлы отмечены статусом Deleted, а также обновлён .gitignore

В истории коммитов на сайте гита проверяем, что файлы удалены, гитигноре добавлен.

Консольный вариант

Очистка внешнего репозитория, но оставляем всё на диске

Используйте команду git rm --cached -r <имя каталога> чтобы отметить файлы для удаления из индекса. Для одиночного файла git rm --cached <имя файла>
Затем выполните коммит, чтобы зафиксировать удаление файлов: git commit -m "Удалены ненужные файлы"
Проверьте, что удалённые файлы и каталоги есть в .gitignore.
Проверьте на странице github, что каталогов и файлов нет.

Очистка своего и внешнего репозитория

Если файл есть в локальном и внешнем репозитории, то используйте команду git rm для удаления файла из рабочего каталога и индекса: git rm <имя файла> Например, чтобы удалить файл example.txt, выполните команду git rm example.txt.
Если файл удален вручную, без использования команды git rm, выполните команду git add -u, чтобы отметить удаленные файлы в индексе. Затем выполните коммит, чтобы зафиксировать удаление файлов: git commit -m "Удалены ненужные файлы"